Проверить состояние/статус mysql

mysqladmin  extended-status

Включить query_cache_size по умолчанию он отключен, включение дает очень хороший прирост производительности.

query_cache_size – размер кэша. 0 отключает использование кэша. Для выбора оптимального значения необходимо наблюдать за переменной состояния Qcache_lowmem_prunes и добиться, чтобы ее значение увеличивалось незначительно. Также нужно помнить, что излишне большой кэш будет создавать ненужную нагрузку.

Так же стоит увеличить query_cache_limit (по умолчанию 1Мб)

Запустить скрипт анализа MySQL Performance Tuning Primer Script

Для корректной работы скрипта mysql должен предварительно проработать двое суток и накопить счетчики.

Скачать скрипт: MySQL Performance Tuning Primer Script

Или вот еще один скрипт (скачать с моего сайта): tuning-primer.sh

Описание параметров, влияющих на производительность

Хорошее описание на русском можно найти на хабре: Настройка и оптимизация MySQL сервера

Калькулятор максимального потребления ОЗУ для mysql: http://www.mysqlcalculator.com/